Als Holzfehler sind zu bezeichnen:
Mondringe oder falscher Splint: Im dunklen Kern vorkommende helle Zonen, die nicht verkernt sind (meist durch Frost oder Pilzbefall entstanden).
Strahlenrisse (Spiegelklüfte): Entstehen durch Schwindung, wenn die Rissbildung in radialer Richtung verläuft. Ringklüfte (Kernschäle) liegen vor, wenn sich die Jahresringe voneinander trennen.
Kernrisse: Entstehen bei einem der Länge nach halbierten Stamm durch starke Schrumpfung, wenn sich der Splint zusammenzieht und den Kern mitreißt.
Drehwuchs: Wird besonders an Bäumen (wie Eichen) beobachtet, die frei dem Wind ausgesetzt sind. Dadurch wird die Spaltbarkeit stark beeinträchtigt, da die Fasern schräg oder spiralig verlaufen.
Maser- oder Wimmerwuchs: Ist für viele Holzarten (zu Dekorationszwecken) von hohem Wert.
Engringiges Eichenholz: Ist für tragende Bauzwecke weniger geeignet, wird jedoch im Möbelbau geschätzt, da es sich leicht bearbeiten lässt.
Bäume sind schon im Wald verschiedenen Krankheiten ausgesetzt. Am häufigsten wird die sogenannte Rotfäule beobachtet, die meist das untere Stammende und die Wurzel befällt. Das erkrankte Holz verfärbt sich rot oder braun und zerfällt leicht. Die Weißfäule erfasst hingegen eher die Mitte des Stammes; das befallene Holz phosphoresziert im Dunkeln und zeigt dunkle Flecken mit rötlichen Ringen. Der Brand zeigt sich im Absterben des Baumes von innen heraus und entsteht meist durch äußere Verletzungen, besonders der Rinde. Der Krebs tritt häufig in Astgabeln auf und breitet sich von dort ins Stamminsere aus. Die Kernfäule zerstört den Kern des Stammes und höhlt ihn aus. Die Ringfäule besteht in einer Trennung der Jahresringe und entsteht durch unregelmäßiges Wachstum. Frostrisse und sogenannte Eisklüfte zeigen sich ebenfalls entlang der Jahresringe.
Bei Nadelhölzern, die im Hochbau meist die Deckenbalken bilden und bei mangelhafter Qualität schweren Schaden anrichten können, muss streng darauf geachtet werden, dass nur absolut gesundes Holz verbaut wird. Gesundes Nadelholz hat ein frisches Aussehen und deutliche, meist hellgelbe oder hellrötliche Jahresringe mit dichten Zwischenräumen. Krankes Holz zeigt dagegen ins Grauliche spielende Jahresringe mit farblosen, weißen, weichen Zwischenräumen. Zudem klingt ein gesunder Stamm hell, wenn man daran klopft, und leitet den Schall gut.
Bei Eichenholz ist es wichtig, die enthaltene Gerbsäure zu entziehen, da sie das Aussehen (z. B. durch Fleckenbildung) stark beeinträchtigen kann. Daher verwendet man vor allem für Tischlerarbeiten nur lang abgelagertes Eichenholz. Generell ist es empfehlenswert, im Hochbau kein Holz zu verwenden, das nicht mindestens zwei Jahre vor dem Einbau geschlagen wurde.
Manchmal wird, besonders bei Kiefernholz, auch ein Blauwerden beobachtet. Die Ursache ist meist ein Bläuepilz (Ceratostoma piliferum), der das Holz zwar nicht direkt mechanisch schwächt, aber ähnlich wie der Hausschwamm die Feuchtigkeitsaufnahme begünstigt.
Durch Trockenfäule (verursacht durch Pilze oder Bakterien) kann Holz ähnlich wie durch den Hausschwamm zerstört werden, ohne dass die typischen, mit bloßem Auge erkennbaren Schwammwucherungen sichtbar sind.